高町奈葉（田村由香裏 配音）是一位平凡的高中三年級學生，某日，在上學的路上，她同來自異世界米德其路達的尤諾（水橋香織 配音）相遇了。尤諾告訴奈葉，她正在尋找遺落人間的太古遺產“聖石之種”，這種珍貴的寶物蘊藏着巨大的能量，如果棄之不顧有可能在人間界造成巨大的破壞，接二連三的波折之後，奈葉成爲了幫助尤諾回收種子的魔法少女，開始了一段充滿了危險和刺激的奇幻旅程。
某日，一位名叫菲特（水樹奈奈 配音）的金髮少女出現在了奈葉的面前，她和奈葉一樣同爲回收種子的魔法少女，也就是說，她們的關係是競爭者。奈葉能夠打敗這樣一位強勁的對手嗎？對於菲特來說，溫柔而又努力的奈葉又是一種怎樣的存在呢？
“任*的孩子會被朋友們討厭的。請您理解我的心情，主人。”
我們還什麼都沒開始，所以，爲了開始真正的自己，去了結以前的自己吧
“如果傾訴心聲的前提是你須取得勝利的話，那麼我一定會毫不猶豫地去戰鬥的。”
“你們的領袖可不是那麼軟弱的人，沒事的。”
“即使成爲惡魔…也沒有關係…”
“那麼我就以惡魔的方式來說服你們吧。”
“無論是一次次重演的悲劇，還是恐怖的噩夢，我都一定會給它們畫上句號。”
沒有永遠這種事，大家都會改變，不去改變是不行的，我也是、你也是。
世界上總是充滿了本不該發生的事情，從很久以前，無論是什麼時候，無論是誰，都是這樣，在本不該發生的現實面前，是選擇逃避還是選擇面對都是個人的自由，但是，誰也沒有權利將無關的人們捲入到這種自私的悲哀中！
在這片廣闊的天空之下，成千上萬的人們在生活，形形**的人們懷抱着各自的心願在生活，人們的心願有時交錯，有時碰撞，但是，其中必定會有一些心願能夠融會在一起，能夠讓人們相互理解。接下來要述說的是，就是這樣一個關於邂逅與相處的故事
我相信這一定是兩人之間不變的羈絆，但主僕間那堅定而又牢固的羈絆，現在卻化作悲哀的鐵鎖，舒服了她們的心靈，從遙遠的過去開始，從不久的過去開始，在哀痛中一次次重演的無情悲劇，我手中的魔法是粉碎悲哀與淚水的力量，我一定會解救你們！所以不要在哭泣了
這個孩子，當我碰觸她時，當她抱着我時，就會有一點點，只是一點點，身體似乎會因爲害羞而有點僵硬，那是因爲在這個年齡的孩子，原本所應該給予的取之不盡的愛給予得不夠多的原因呢？還是因爲我不是這孩子的母親，而作爲母親的使魔所產生的距離感呢？不管怎麼樣，我是無法永遠配在菲特身邊的，在這一點，我在很早以前就告訴過菲特和阿露芙，也真是因爲如此，我希望可以爲那孩子，留下今後能夠開拓道路的力量
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