突襲世界的大災難“第二次衝擊”後，世界在廢墟之上重建。14歲的少年碇真嗣被父親碇元渡叫到第3新東京市。本以為能見到父親迎接的他，卻見到名為“ 使徒”的巨大生物與*隊交火。危急之下，特務機關NERV的葛成美里將真嗣救下，並將其帶往碇元渡所統領的NERV總部。但迎接真嗣的，卻是是父親冷酷地命令：駕駛稱為“EVA”的巨大人型機器人與使徒戰鬥。本已表示拒絕的真嗣，看到重傷的替補駕駛員綾波麗後，決定遵從父親的命令。就這樣，從未受過作戰訓練的真嗣，準備駕駛EVA初號機迎戰使徒。
不斷襲來的使徒，身份不明的綾波麗，從德國來的駕駛員惣流·明日香·蘭格蕾，14歲的少年要面對遠超自己能力的挑戰。而碇元渡不動聲*地觀察一切，一個稱為“人類補完計劃”的神祕計劃正在按照他的計劃實現。
不過,反正它...沒人照顧,早晚也是死.沒有父母親,也沒有吃的,這種地方除了你跟我以外,應該也不會有人來,它還不是一樣要活活餓死.所以到不如現在就殺了它嘛!
碇真嗣：“夢是什麼？”凌波零：“那是現實的延續。”碇真嗣：“現實又是什麼？”凌波零：“那就是夢的結束。”
あんた馬鹿？
“能夠從這麼多人之中成為eva的*縱者，然後與使徒戰鬥將它打敗，而藉此得到大家認同的話，這就是我最幸福的事。”
人與人之間是無法完全相互瞭解的。人類、就是這麼悲哀的生物。
GOD'S IN HIS HEAVEN,ALL'S RIGHT WITH THE WORLD.
你不會死的，因為我會保護你.
不能逃避，不能逃避，不能逃避，不能逃避……
只要微笑就可以了。
夢想是什麼，夢想是現實的延續；現實是什麼，現實是夢想的終結。
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