系統遇到存身於細胞內的披衣菌時，就不是那麼有效了，因為血液中的抗體無法接觸到菌體。
與其他*生存、可輕易交換基因的病原菌相比，披衣菌屬各個菌種的基因組在數百萬年間，基本上都保持不變。
另一種*物，則是造成披衣菌挪用宿主細胞脂質的機制失效，使得這些非法入侵者無法藏匿。
一來人體不易將它們給驅逐殆盡，再者染上一回披衣菌所產生的自然免疫，也只能維持六個月左右
當中46.9%為披衣菌陽*，這些陽*女患者中卻只有34.4%呈現症狀。
生產披衣菌疫苗的主要障礙之一，在於該菌是以鬼祟的方式在體內肆虐。
巴沃義爾是馬里蘭大學巴爾的摩分校生醫科學系副教授，研究披衣菌的生化及分子生物學。
另外也選擇*篩檢針對69位不孕症門診女患者檢驗，利用其子宮棒檢體檢驗披衣菌的去氧核糖核*。
前面提過，女*的生殖道若感染了披衣菌，將有長遠的後果。
不過，披衣菌卻有辦法讓進入細胞的囊泡避開溶小體，使披衣菌與受感染細胞的其他部份隔離，而能自由增殖。
披衣菌和淋病很少發生在女同*戀者身上.但如果有一方得了這兩種傳染病的話,它們就會通過共享*玩具或者外*互相摩擦而傳染.這兩種傳染病通常沒有症狀,除了一些白帶以外.它們外顯的第一個症狀是在骨盆處有疼痛感(骨盆炎症).披衣菌感染的婦女有可能不育.
新近解開的披衣菌基因組序列，當有助於尋找適當的蛋白質
這些蛋白質可能改變囊泡膜的結構，以阻礙溶小體的作用，而使披衣菌得以抗拒與溶小體互動。
包括披衣菌基因組定序在內的最新研究，都是朝這方面努力。
譬如許多動脈硬化斑都有肺炎披衣菌的蹤影，該細菌的成分也能夠引發巨噬細胞，以及血管內皮與平滑肌細胞的發炎反應。
這項工作在對抗披衣菌上，更是困難，因為披衣菌擁有特殊的自保之道，可以躲掉免疫系統當中細胞免疫的攻擊。
結果有12例（36%）培養出病毒，15例（46%）培養出需氧菌，而16例（49%）有披衣菌的感染。
用這種做法，疫苗只需要引起足夠的抗體，以減少（而非清除）男*所攜帶的披衣菌數量即可；
披衣菌於生殖道引起的初期發炎反應，並不明顯。
理想的情況是，找出微調發炎反應的做法，也就是引發不多不少的反應，恰恰足以幫助身體的免疫防禦機制，將披衣菌給除去。
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