于慎行雖然加太子少保兼東*大學士參贊機務,但已身患重病,七個月後便死於家中。
萬曆三十五年(公元1607年)五月,皇帝諭命于慎行、葉向高、李廷機三人入*,另因王錫爵有聲望,於同年也被再度召回,並冠以首輔職銜。